Depois dos eventos da última temporada, Clark pega no 'manto' de ser o protetor de Metropolis, mudando sua familiar roupa azul e vermelha para preta e cinza, ficando nas sombras da cidade e se tornando uma pessoa solitária, simplesmente conhecida como "o Borrão". Enquanto Clark entra na sua identidade, se sentindo forçado a escolher entre seu lado kryptoniano e seu passado humano, ele encontra ainda mais poderosos inimigos do universo da DC. Essa temporada irá mostrar novos e velhos personagens, incluindo Metallo (Brian Austin Green, "Terminator: The Sarah Connor Chronicles"), o homem com coração de kryptonita; Roulette, sexy e inteligente; o retorno do Toyman; e o sempre traiçoeiro Zod (Callum Blue) como um jovem Major e líder de uma invasão alienígena, que se torna amigo do Clark Kryptoniano antes de seu lado sombrio emergir. Esta temporada terá a participação da DC Comics do primeiro grupo de super-herois, A Sociedade da Justiça da America, em um edpisódio escrito pelo renomado escritor de quadrinhos Geoff Johns, que retorna ao show após escrever o episódio favorito dos fãs da última temporada, "Legion".
Depois de um ano protegendo Metropolis como o Red and Blue Blur, Clark Kent finalmente termina a 8ª temporada com o peso e destino do mundo sobre seus ombros, enfrentando Doomsday. Clark ganhou, mas sua decição de ignorar o aviso da Liga da Justiça sobre salvar o lado humano de Davis (Sam Witner) do monstro Doomsday veio com uma trágica perda - Davis se tornou tão mal quanto o seu outro lado, e matou Jimmy Olsen (Aaron Ashmore) na frente de Chloe (Allison Mack), a mulher que os dois amavam. Por causa da morte de Jimmy, Chloe se retratou como a Watchtower , a Liga da Justiça desandou, e Oliver Queen (Justin Hartley) está caindo em espiral, deixando de ser o antigo Green Arrow. E Clark virou as costas para sua própria humanidade, deixando para trás sua vida de "Clark Kent" para existir somente o "Borrão". Enquanto isso, a obsessão de Tess Mercer (Cassidy Freeman) com a oringem Kryptoniana de Clark se torna um problema quando ela confronta a intérpida repórter Lois Lane (Erica Durance) sobre o misterioso orbe alienígena que tess achou que Lois tinha roubado dela, resultando numa batalha no meio do Daily Planet. Durante a luta, Lois tocou o anel da Legião de viagem no tempo e foi varrida com um flash de luz, perdida em algum lugar do tempo. E Tess voltou para casa para descobrir que seu orbe tinha soltado uma versão mais nova do vilão kryptoniano, Zod, assim como a população inteira da cidade alienígena perdida de Kandor. Mas Clark termina a temporada no seu novo jeito. Ainda, ele continua assustado com o desaparecimento repentino de Lois, temendo que a mulher que ele mais se importa possa ter morrido durante sua batalha com Doomsday.
A premiere da 9ª temporada é situada 3 semanas depois da batalha 'épica' de Clark e Doomsday. Obsecado em se tornar o herói que o mundo precisa, Clark literalmente deixa sua marca em Metropolis - tento totalmente abraçado seu lado kryptoniano para terminar seu treinamento com seu pai, Jor-El, Clark começou a usar o famoso escudo de 'S' no peito, e espalha o simbolo pela cidade numa tentativa de dar esperança para as pessoas.
Enquanto Clark está trabalhando sozinho, Chloe se sente destinada a reunir a agora 'destruida' Liga da Justiça. O seu maior desafio é Oliver Queen, que pode se perder nos clubes de lutas no subterrâneo e em noites de bebedeira. Os amigos de Oliver vão fazer um plano para trazê-lo de volta do limite. Reconectado com seu lado-herói dentro dele, Oliver vai retornar com uma nova proposta, até mesmo procurando uma aprendiz em Mia Dearden, a adolescente parceira da DC Comics, Speedy.
Clark e Oliver se encontrarão em um triângulo amoroso com Lois, já que a paixão dos doir por ela começa a brilhar intensamente. Retornando de sua viagem pelo tempo, Lois começa a ter algumas visões do futuro. Podem elas se tornarem verdade? Se assim for, uma imagem não tão confusa ficará passando pela cabeça dela repetidamente - Lois e Clark presos num momento romântico, erótico. Enquanto isso Clark continua em conflito em relação a seus sentimentos por Lois. Enquanto faíscas voam, o relacionamento de Lois e Clark irá progredir, se tornando o primeiro beijo REAL deles, e possivelmente algo mais.
Enquanto isso, o relacionamento de Chloe e Clark começa a ficar ruim. Não mais contentada em ser o braço direito de Clark, Chloe usa o poder dos computadores da Watchtower para tornar sua própria influencia na web e intriga, manipulando pessoas como peças de xadrez em nome de um mundo melhor. Mas quando Chloe começa a acreditar que os fins justificam os meios, isso faz ela colidir direto com seu amigo Clark.
Quando isso começa a ser mestre de manipulação, Tess Mercer emergiu como a 'herdeira' do legado de Lex Luthors. Sempre inescrutável, Tess e suas mãos enchem essa temporada com uma armada de Kryptonianos, recém chegados da cidade perdida de Kandor e dirigidos pelo desconhecido Zod. Ainda assim, essa encarnação de Zod é mais nova que aquela que nós nos lembramos - ele já se tornou no malvado poderoso e psicótico ditador, General Zod. Na 9ª temporada, Zod é apenas um Major, mas ele já é um bom estrategista e carismático líder que sabe como inspirar suas tropas. Mas entre seu magnetismo e aqueles olhos, Zod ainda é muito perigoso. Quando Zod e Clark se encontram, Clark reconhece que ele pode ser amigo do Kryptoniano, e ele pode tentar despersuadir Zod de se tornar um mal, e transtornado tirano. Enquanto é verdade que esse Major Zod tem suas vulnerabilidades, pode ter só uma mão de traição para fazê-lo virar o arqui-inimigo de Clark.
