Chloe não está pronta para aceitar o que realmente é e termina seu romance com Jimmy.
Aparições não faltam na temporada, tais como: Sasha Woodman, uma freak vista na 1ª temporada; Lara, a mãe de Clark; Zor-El, o pai de Kara; o retorno de Pete Ross; Dean Cain interpretando o psicótico Dr. Knox; a entrada da Canário Negro na Liga da Justiça; e a volta do Caçador de Marte, de Oliver Queen/Arqueiro Verde e do vilão Brainiac.
Lois descobre o segredo de Oliver (Arqueiro Verde), Chloe e Jimmy voltam a namorar, Lex vira o novo diretor do Planeta Diário. Clark conhece Dax-Ur (o criador de Brainiac), enquanto Bizarro tenta conquistar o amor de Lana. Surge a Kriptonita Azul, que anula os poderes de Clark, mas que pode ser mortal para Bizarro.
Descobrimos nessa temporada que Lionel, Dr. Swann e os pais de Oliver e de Jason formavam o grupo Veritas, que queria controlar o viajante (Clark), e que Lionel foi o responsável pela morte de todos os membros do grupo.
Quando Lex fica obcecado em descobrir onde se encontra o viajante, este mata Lionel em busca da chave para o viajante. Clark encontra o último sobrevivente de Veritas, Edward Teague, que depois é morto por Brainiac, personificando Kara, que está presa na Zona Fantasma.
Brainiac deixa Lana e Chloe em coma, mas acaba ficando fraco e busca por energia. Clark destrói Brainiac, salvando ambas. Lana deixa Smallville para que Clark cumpra sua missão e Chloe é presa pelo Departamento de Segurança de Lex. Clark vai em busca de Lex, que descobriu o segredo de Clark e a Fortaleza da Solidão. Na tentativa de controlar Clark, Lex acaba causando a destruição da Fortaleza e ambos ficam soterrados.



















